Odborná komise složená z vedoucího oddělení výkonu trestu, psychologa či vychovatele bude v nástupních věznicích vyhodnocovat vnější a vnitřní rizika vězně. Vnější zahrnuje míru nebezpečnosti odsouzeného pro společnost, a to s ohledem na druh jeho trestné činnosti, délku uloženého trestu a případnou recidivu. Vnitřní riziko vyjadřuje možné ohrožení bezpečnosti při uvěznění, přičemž se zohledňuje například hrozba útěku nebo to, jak se odsouzený choval při předchozím pobytu za mřížemi.

O umístění do jednoho ze tří typů oddělení následně rozhodne ředitel nástupní věznice. Vězeň poslaný do oddělení se středním nebo vysokým stupněm zabezpečení se bude moci bránit podáním stížnosti k příslušnému okresnímu soudu.

Do konkrétní věznice pak vězně umístí generální ředitelství Vězeňské služby s přihlédnutím k aktuální zaplněnosti jednotlivých zařízení a k programům zacházení s vězni, které jsou v daném místě k dispozici.